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云南肉豆蔻在西双版纳州勐腊县、景洪市野外仅有零星分布，目前最为人所熟知的是西双版纳州勐腊县望天树热带雨林景区中的云南肉豆蔻野生种群。据文献记载，通过对该分布点内1993年建立的6块永久性样地进行持续性调查，结果表明1993年该野生种群分布点永久性样地内云南肉豆蔻数量为187株，其中小于1.5m的幼株有99株；2016年样地内种群数量为135株，其中幼株93株。胸径大于5厘米的植株有16株，平均胸径18.7厘米。云南肉豆蔻为该热带雨林群落中主要伴生树种，望天树个体数量多、生长良好，为优势种。

普洱市林业和草原科学研究所依托“云南省极小种群野生植物拯救保护”项目，与云南省林业和草原科学院热带林业研究所开展合作，开展了云南肉豆蔻种子发芽试验、种子育苗及扦插育苗等方面的研究，人工培育云南肉豆蔻苗木500株。

在云南省林业和草原科学院热带林业研究所建立了近地保护种群1个，种植云南肉豆蔻300株。

在普洱市思茅区太阳河自然保护区建立了迁地保护种群1个，种植云南肉豆蔻200株。

目前云南肉豆蔻拯救保护工作存在的主要困难是种子繁殖力低下，种子育苗工作还未取得实质性突破；保护小区建立后植株成活率及保存率较低，保护小区成效不明显等。下一步，市林草科研所将进一步加强与各科研院所的合作，重点解决人工繁育难、种植成活率低等云南肉豆蔻拯救保护工作中的关键技术难点，进一步提高拯救保护工作的科学性及保护成效。同时，加大云南肉豆蔻拯救保护工作的宣传力度，引起当地林草部门和分布区群众的关注与重视，联合社会各届力量共同开展对云南肉豆蔻的拯救保护工作。