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检疫或监测发现疫情后，疫木除治就成为病害防治的又一个重要环节。此时病原线虫和媒介昆虫都集中在疫木中，只要彻底干净杀灭疫木中的天牛和线虫，病害就可以得到防治。相比之下，检疫发现的疫情，除治起来比较容易，因为除治疫木或带疫制品的难度和数量都不会太大，而在林间监测发现的疫情，就相对比较复杂。如果监测发现的疫情面积不大（＜4h㎡），死树数量也比较少（＜500株），疫情发生的林地比较容易到达，疫木除治就相对比较容易做到干净彻底，比如2018年天津发现疫情时仅几株松树感染。然而，在过去几十年里，新发生松材线虫病的省、市、县，大多在确诊疫情时，面积已经达到几百h㎡，甚至上千h㎡，死树数量达到数千株，甚至上万株，如果再加上病死树所在的林地山高坡陡，疫木除治的难度就非常大。病死树清理彻底的程度决定着第二年病害再度发生的程度。从理论上讲，如果病死树清理干净，第二年新发感染的情况就不会出现，除非存在当年感染要越年才死亡的情况。所以说在疫情监测这个环节，及时发现确诊疫情是非常重要的，它可以容易实现治早、治小、治了。

2018年以前，我国在疫木除治工作中基本采用2种方式，一是将疫木清理下山，然后采用熏蒸、干燥、碎片、制板处理等除疫处理后再加以利用。当疫木数量较少时，也有下山后直接采用火烧处理。所有这些疫木处理方式本身在技术上都不难操作，难题是大量疫木下山后，在处理疫木过程中监管出现了漏洞，一些实际未经处理的疫木被人为传播到远近不等的地区，引发了病害在更多的区域发生。第二种方式是疫木不下山，而是在砍除后就地用薄膜或钢丝网将疫木材料包裹覆盖，当天牛来年羽化后不能飞出来传病。这种方式在理论上也是可行的，但是在实践工作中也是存在疫木在山上时间长，质量保证和监管到位十分困难，一旦薄膜或钢丝网被人为破坏，就前功尽弃。

在新发疫区进行疫木除治过程中，一些地区还存在着一个非常明显的误区，就是采取超强度大面积皆伐的方式进行疫木除治，其目的是希望能尽快拔除疫点。有的发生面积只有几十h㎡（其中可能只有少量病死树），除治过程皆伐了60h㎡（死树活树全部砍），个别甚至皆伐上千h㎡。这样处理的结果往往不仅没有能尽快拔除疫点，大砍伐往往还带来了病害的大传播。在我国松材线虫病发生的林分中，活松树一般不会有天牛从其中飞出传播松材线虫病，也就是说活松树一般是不会传病的，传病的是染病后死亡的松树，因此，不主张采取皆伐方式。疫木除治的对象应该是病死松树或濒死松树，在皆伐过程中砍伐掉大量的活树对于病害防治不仅没有意义，反而大大增加了疫木除治的工作量，大大增加了病害造成的损失，大大增加了疫木监管的难度，人为造成了更大量的健康松林资源的损毁，造成了更多疫情的传播。

在国家林业和草原局2018年修订的《松材线虫病防治技术方案》中，明确提出了今后疫木除治应采取择伐病死树和濒死树，不能砍伐健康松树，原则上不得采取皆伐方式。择伐的病死树在山上或山下就地尽快粉碎或烧毁，不得采取其他方式进行处理后利用。