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在我国各地广为分布的乡土松种，如果在没有人为干预的情况下，经历了几百年或几千年的不断地自然选择过程，松材线虫病流行的结果可能是90％以上的松树都因为松材线虫病的流行而死亡，少量对松材线虫病表现抗病的松树个体被保存下来，并经历了一代又一代自然感染的选择压力，依然能表现抗性的松树不断地繁衍并保留成为优势的松树种群。到那个时候，松材线虫病的流行就自然得到了控制，但是在这个过程中要付出的代价是现有的90％以上的松树可能会感染死亡，而且要经历比较长的时间，代价太大，历时太长。因此，尽快培育出抗松材线虫病的乡土松种品种，才是我国松材线虫病防控的重要长期战略。

同种松树不同个体之间对于松材线虫病的感病性会存在着一定差异，这种差异有时还会比较大。在松材线虫病严重的林分中一些未发生病害的松树个体，可能就是由于个体抗病性原因而没有感病的植株，这些植株是潜在的抗病种质资源，应该争取将它们保留下来，并加以抗性培育。以往在病害流行区经常是一个林班中还没有多少株松树感病死亡，就已经采取了林相改造的方式进行皆伐处理，这样的人为除治方式难以将抗病的松树资源在自然界中保存下来，更不可能在经历几百年以后会形成自然抗病种群。因此，采用择伐病死树的疫木除治方式，就可能将抗病的松树个体通过自然选择的方式保留下来。

目前我国在马尾松抗松材线虫病的选择育种方面也开展了近20年研究，初步积累了一定的抗性资源和培育技术。在引进抗病黑松和赤松资源并进一步开展抗性评价和利用方面也取得了显著的进展。今后还应该更加重视松材线虫病的抗病育种工作，要在更多松种、更大规模上持续数十年开展松材线虫病的抗性选育研究，尽快培育出能够在生产上推广应用的抗病松树种类，将我国现有的松树群体不断被抗病的松树种群替代，实现我国松树种群对松材线虫病的主体抗性。