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合理地选用化学除草剂，能防除杂草，有的还能达到不伤作物专门杀死杂草的效果。除草剂的杀草原理比较复杂，有的至今尚不完全清楚，但一般来说，它是由通过干扰和破坏杂草的生理生化过程，从而抑制杂草生长、发育，导致其死亡。目前，市场上除草剂的除草原理主要有以下几个方面。

一是抑制光合作用，阻碍杂草制造养料，使其得不到营养而饥饿死亡；二是干扰核酸、蛋白质、脂肪等物质合成，使杂草的形态、生长发育和代谢活动产生变化，抑制杂草生长或造成畸形而死亡；三是阻碍营养物质的运输，使杂草得不到水分和养分而死亡；四是干扰和破坏呼吸作用，以致生理生化过程不能进行而死亡；五是破坏杂草体内水分的平衡，使杂草快速、大量失水而枯萎；六是影响氮素的代谢，使杂草的叶绿素不能形成，植株失绿、变黄、枯萎。

那么，为什么除草剂能杀死杂草而不危害作物呢? 科技工作者经过大量的研究，认为其原因主要是除草剂有选择性，包括生理生化选择、形态结构选择、时差选择、位差选择等。只要选用正确的除草剂，就能杀死杂草保护农林作物。

时差选择：是利用某些除草剂见效快、有效期短的特点，在作物播种前施用，以杀死杂草；药剂失效后，即可播种或移栽植物。如百草枯，在播种前施用可杀死所有的田间杂草。

位差选择：位差的选择是利用植物根系及生长点在土层中分布的差异进行选择。一般播种或栽插的作物根系较深，而杂草多发芽于表土层，根系分布较浅。根据这个差异，将除草剂施在土壤表面，形成一层较浅的药层，以达到选择性除草的目的。这类除草剂大部分是在作物播种后至出苗前进行喷洒，使药剂在种子层上方与土壤颗粒均匀吸附，以充分发挥杀草作用。

生理生化选择：不同植物对不同的除草剂在生理上反应不同，有些较敏感，有些则抗药力较强。如施用敌稗防除秧田稗草，因水稻植株有分解敌稗的酶，可分解敌稗，而稗草中无此酶，因而敌稗具有杀稗草而不伤稻草的选择能力。玉米、甘蔗、高梁能很快通过水解或脱掉烷基，使阿特拉津、西玛津扑草净等除草剂的结构改变而解毒，使它们转化成无毒物质，而杂草没有这种解毒能力。

形态结构选择：利用作物和杂草形态的不同，采用不同的除草剂来杀死杂草。不同植物的形态、结构不同，因而对除草剂的接触和吸收量也不一样，一般接触和吸收量大的受害就重。如许多阔叶杂草如鸭跖草、藜、蓼等，叶片平伸，叶面大，叶面的角质层和蜡质层都薄而且生长点又是裸露的，就容易受到除草剂的影响作用；相反单子叶植物叶片细长狭小，多半是直立向上生长，且有较厚的角质层和蜡质层，药液不容易渗透，对除草剂的抵抗力较强不容易被杀死。