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真菌繁殖体是真菌分类的重要依据。在洁净的载玻片上滴一滴无菌水（过多易污染显微镜），用挑针挑取少许目的物置于水滴中用一洁净的盖玻片盖上，避免产生过多气泡，显微镜下观察，即能看到病原真菌的形态。常见的病原真菌形态有以下几种：

桃缩叶病Taphrina deformans 裸生孢子囊柄锈菌属Puccinia是常见的禾本科锈病病原物，冬孢子棍棒状，双细胞有柄，黄褐色，顶部细胞壁厚，平钝。

栅锈属Melampsora是常见的杨柳锈病病原物，夏孢子堆有包被，易失，叶背黄色粉堆。夏孢子单生，桔黄色，有柄，圆形或椭圆，表面有刺。冬孢子堆生于寄主表皮下，上、下表皮都有。冬孢子单层，单胞，棱柱形或椭圆形，无柄。

杨树腐烂病的病原物属于Valsa sordida子囊菌亚门，球壳菌目，黑腐皮壳属。子囊壳，烧瓶状，整个埋入子座中，有长颈伸出子座顶部。子囊棍棒形，中部略膨大，子囊孢子单细胞，香肠或香蕉形。

梨黑星病的病原物属于子囊菌亚门，腔菌纲Loculoascomycetes，格孢菌目 Pleosporales，黑星菌属Venturia pirina，子囊座（假囊壳）球形，初内生，后期突破表皮而外露。上部有少数刚毛，子囊双膜，内含8个子囊孢子，孢子双胞，一般上大下小。